「黄水晶」という和名からも分かるように、シトリンは水晶の一種です。（石英という鉱物からなる宝石のうち、透明なものを水晶と呼びます）

透明な水晶にごくわずかな鉄分が混じり、すがすがしい黄色になるのですが、天然のシトリンはそれほど多く採取されません。市場に出ているシトリンのほとんどは、アメシスト（紫水晶）を加熱エンハンスメント（品質改良）したものです。